本作描绘了少女艾丝蒂尔为了寻找在前作结局中突然不见踪影的轨迹少年约书亚，

《空之轨迹 the 2nd》为故事RPG《空之轨迹 the 1st》的版下正统续作。

载S正版踏上全新旅程的分流故事。